肥後大津地区の宅地開発が進みつつあった豊肥本線向けとして両運転台のキハ220形1100番代とともに製造されたグループで、 1997（平成9）年2・3月に日車および新潟鉄工所でキハ200-101〜105（便所付）＋キハ200-1101〜1105（便所なし）の5編成が 製造され、熊本に配置された。
　当初からワンマン運転に対応しており、客室内に運賃箱、運賃表示器、整理券発行機を設置、客室内側出入口上部に案内表示器が 設けられている。客室内の照明はカバーを省略し、照度向上による数量の見直しがなされた。0・1000番代 との外観上の相違点は、側引戸上部への水切りの追加、車外スピーカの取付、便所窓の廃止、前後位側窓上の表示用小窓の廃止などが挙げられる。
　機関は0・1000番代と同じDMF13HZA（450PS/2,000rpm）で、変速機はR-DW4、台車はコロガリ軸受を円錐コロ化して 乗り心地の向上を図ったDT600KA、TR600KAに変更された。冷房装置は冷媒が代替フロンR132aとなり、AU607K（20,600kcal/h）、 AU608KA（20,000kcal/h）に変更された。
　1997（平成9）年3月ダイヤ改正より熊本-肥後大津間で運転を開始した。2020（令和2）年4月1日現在では、101・102の編成が熊本、 103〜105の編成が大分に所属しており、車体塗色は新製時からの赤色となっている。
　一部車両はSA6D140HE-2への機関換装工事が行われており、キハ200-101＋キハ200-1101は2016（平成28）年11月に施工されたと 思われる。また、キハ200-102＋キハ200-1102は2018（平成30）年3月に施工されている。