JR九州では、福岡都市圏の篠栗線沿線および筑豊地区については、今後の沿線開発により利用客の増加が見込まれることから、 1991（平成3）年3月ダイヤ改正において快速列車用に新たな近郊形気動車を開発・投入することになった。こうして登場したのが 本系列で、近郊形とする、電車並の性能とする、新技術はできるだけ採用する、従来の気動車の概念を打破するを基本設計方針として 開発が進められ、次世代の気動車にふさわしく車両形式も一新して「キハ200形」となった。
　片運転台で、キハ200形0番代（便所付）＋キハ200形1000番代（便所なし）の2両編成を基本とする。
　車体は鋼製、前面貫通式、全長21.3m裾絞りの片側両開き3扉の近郊形タイプで、非電化区間に対応するため、ステップ付きとなっている。 側窓は一部を開閉可能な一段下降窓とし、扉間は1枚窓の固定窓も中央にピラーを配して2連風にしている。客室内は化粧板を明るいブルー、 腰掛は黒地にカラフルドットのモケットの転換クロスシートであるが、出入口付近と車端部は固定となっている。また、登場時は座席の肘掛けに灰皿が設けられていたが、1995（平成7）年9月にJR九州の普通・快速列車は全面禁煙化されたため、撤去されている。便所はFRPのユニット式で、 キハ200形0番代の3位側に設置されている。車体塗色はJR九州のコーポレートカラーの赤で、「赤い快速」の愛称で呼ばれた。側出入口扉は ステンレス無地である。冷房装置は屋根上にAU604K、AU605Kを各1基搭載する。（合計40,600kcal/h）
　機関は国鉄時代にキハ37形で採用されたDMF13Sをベースとして横置型に設計変更したDMF13HZA（450PS/2,000rpm）で、変速機はJR総研が 開発した凹凸が噛み合うことで動力を伝達する爪クラッチ式液体変速機R-DW4が採用された。台車は動力台車がDT600K、付随台車がTR600K、 ブレーキ方式は電気指令式空気ブレーキで、抑速ブレーキ用に排気ブレーキを装備する。最高運転速度は110km/h。
　まず、1990年度（1991年1・2月）に3編成が新潟鉄工所と日本車輌で製造され、直方（後の筑豊篠栗）に配置。3月改正から運転を開始した。 同年8〜10月に2次車として第4〜6編成が新潟と小倉工場で製造されて直方に配置された。
　1992（平成4）年4・6月には第7〜10編成が新潟と日車で製造されて指宿枕崎線の快速「なのはな」用として鹿児島に配置された。このグループは 腰掛が茶色の市松模様のモケットとなったが、製造当初は外部塗色は赤色であった。
　1993年度（1994年1・2月には）第11〜15編成が新潟と日車で製造され、長崎-佐世保間の快速「シーサイドライナー」用として長崎に配置された。 このグループは車体塗色をコバルトブルーをベースに側出入口扉を赤色とした「シーサイドライナー色」となった。客室内は化粧板がダークグレーの ポーラスター、乗務員室仕切扉や便所扉、妻引き戸はコバルトブルー、床面はエンボス調の黒地にグレーのペンシルストライプ、腰掛は黒地に赤・緑 ・黄・青のドットデザインに変更された。このほか循環式汚物処理装置、冷房装置の冷媒が在来車とは異なっている。
　1993（平成5）年8月6日、日豊本線竜ヶ水駅構内での豪雨による土石流により、キハ200-1007が被災し、8月19日付で廃車、代替として キハ200-5007が日車で製造され、1994（平成6）年3月に落成した。
　1995（平成7）年キハ200-7＋キハ200-5007が「いぶすきキャンペーン」の一環として車体塗色が黄色に変更され、1997（平成9）年から 他の車両も順次塗色変更された。
　2001年（平成13）年に篠栗線・筑豊本線（福北ゆたか線）電化により、筑豊地区配属車は鹿児島、豊肥九大、長崎に転属し、ローカル運用に 使用されるようになった。（筑豊篠栗にはキハ200形500・1500番代が2003年（平成15年）3月に香椎線からキハ200系は撤退するまで残った。）
　キハ200-1011は2003（平成15）年3月31日に大村線川棚-小串郷間で発生した踏切事故により同年4月に廃車となり、代替としてキハ200-5011が 新潟で製造されて2004（平成16）年2月に落成した。
　2004（平成16）年3月13日のダイヤ改正において、指宿枕崎線に指定席車（キハ220－1102）連結の特別快速「なのはなDX」が運転されることになり、 キハ200-9＋キハ200-1009については専用塗装が施されたが、2011（平成23）年3月12日ダイヤ改正で観光特急「指宿のたまて箱」の運転開始により、 「なのはなDX」は廃止され、他のキハ200形と同様の黄色に変更されている。
　また、長崎のキハ200-14＋キハ200-1014は、2011（平成23）年2月に「ハウステンボス色」となって出場した。このほか、長崎から大分に転属した 編成はシーサイドライナー色から赤色に順次塗色変更している。　
　2013（平成25）年度から一部の車両のロングシート化が行われている。2020（令和2）年4月1日現在では、キハ200-6+キハ200-1006→キハ200-556+キハ200-1556（2014年3月改造・ 長崎所属）、キハ200-10+キハ200-1010→キハ200-560+キハ200-1560（2016年3月改造・鹿児島所属）、 キハ200-15+キハ200-1015→キハ200-565+キハ200-1565（2017年11月改造・長崎所属）、 キハ200-9+キハ200-1009→キハ200-559+キハ200-1559（2017年12月改造・鹿児島所属）の4編成が改造されている。