JR九州の機関換装車。キハ47形8000番代はキハ47形0・5000番代を、キハ47形9000番代はキハ47形1000・6000番代を種車とし、機関をコマツ製SA6D125H-1A（300 PS／2,000 rpm）、変速機を新潟コンバータ製TACN22-1612Aに換装したもので、1999（平成11）年度から小倉工場および鹿児島車両所で改造された。番号は製造時番号＋8000となった。2004（平成16）年度以降に改造された車両は機関がSA6D125HE-1（300 PS／2,000 rpm）に換装された。
　2017（平成29）年にキハ47 8087・9051は「かわせみ やませみ」に改造された。
　また、「はやとの風」として運行を終了したキハ47 8092は2022（令和4）年に「ふたつ星4047」のキハ47 4047に再改造された。
　このほか、2022（令和4）年にキハ47 8076・8129・8135・8158・9031・9041の各車はキハ47 3509・3510・4509・4510とともに、西九州新幹線開業に伴い非電化による運転となる長崎本線肥前浜-諫早間用としてリニューアル改造された。

キハ47 5051・52・55・56・5057・60・62・70・72・76・5077・87〜89・92・119〜121・123〜126・129・132〜135・157〜159
→キハ47 8051・8052・8055・8056・8057・8060（指宿のたまて箱）・8062・8070・8072・8076・8077・8087（かわせみ やませみ）・8088・8089・8092（はやとの風）・8119〜8121・8123〜8126・8129・8132〜8135・8157・8158・8159（いさぶろう・しんぺい）

キハ47 1031・1041・1042・1046・1048〜1051・1056・1072〜1075・1077〜1079・1082〜1084・6097・6098・1126
→キハ47 9031・9041・9042・9046・9048〜9050・9051（かわせみ やませみ）・9056・9072〜9075・9077・9078・9079（指宿のたまて箱）・9082（いさぶろう・しんぺい）・9083・9084・9097・9098・9126