EF65形1000番代は「PF形」と称され、500番代のP形（旅客用）、Ｆ形（高速貨物用）の両方の機能を有する。1969〜79（昭和44〜54）年に139両が新製された。
車体は前面平妻の貫通型となり、貫通扉内には屋上上昇梯子が備えられている。台車は500番代と同様で、両端台車がDT115B、中間台車がDT116C。
1001〜1017は当初窓上と前照灯上のツララ切りがなく、後年取付けられた。
1040〜は前面尾灯上部のルーバーが廃止、1056〜はパンタグラフがPS17から下枠交差式のPS22Bに変更し前面のナンバープレートがブロック式になった。
1119〜は主電動機をＭＴ52ＡからＭＴ52Ｂに変更し、耐寒耐雪装備を一部省略した。
一部廃車となった車両もあるが、2007年4月1日現在ＪＲ貨物の高崎、新鶴見、岡山、ＪＲ東日本の田端、ＪＲ西日本の下関に配置されて活躍している。
EF65 1001〜1039
尾灯の上にルーバーが取付けられた初期タイプを示す。
ＥＦ65 1038（高）
昭和45.9新製
2006年6月17日 蘇我駅にて
JR貨物更新機
塗装は新JR貨物色と呼ばれる。
ＥＦ65 1039（高）
昭和45.9新製
2007年10月14日 新小岩操車場にて
EF65 1040〜1055
前面のルーバーが廃止され、より近代的な印象となった。
ＥＦ65 1041（高）
昭和47.2新製
2007年10月14日 蘇我駅にて
EF65 1056〜1139
パンタグラフがPS22Bに変更され、ナンバープレートがブロック式に変更された。
JR貨物に所属するPF形の一部は、高速運転に対応するためブレーキ常用減圧促進改造がなされたものがあり、施工車は赤色地、未施工車は青色地のナンバープレートとして区別されたが、現在は運用上の区別がなくなっている。
EF65 1083（新）
昭和52.6新製
2004年12月12日 沼津駅にて
DT115B台車
2007年10月14日
DT116C台車
2007年10月14日
