新製車
本州用キハの1機関搭載車で、1961(昭和36)年から新製された。キハ27形と同様、機関はDMH17H、台車はDT22A(TR51A)で、定員84名となっている。
キハ28 1〜203は1961〜63(昭和36〜38)年に新製された。先に登場した北海道向けキハ27形に準じているが、暖地向けのため客室側窓の高さが北海道向けより広くなっている。なお、後に他車への給電が可能な4VK発電装置を搭載する改造が行われたものについては、原番号+2000に改番された。
キハ28 301〜494は、1963〜67(昭和38〜42)年に新製された長大編成対応車で、引通し線の電圧降下、制御電流の容量制限、ブレーキ作動時間の遅延に対する改善がなされている。そのほか客用扉下部に小窓が取付けられ、出入台に通風器が増設されている。4VK発電装置搭載改造車は、原番号+2000に改番されている。
キハ28 501〜504・1505〜1510は寒地向けモデルチェンジ車で、1968(昭和43)年に新製された。前面窓がパノラミックウィンドウとなリ、スカートが取付けられた。さらに冷房準備工事がなされている。1505〜1510はキロ58形への電源供給のため4Vk発電装置付きで、1971(昭和46)年度に2505〜2510に改番された。
キハ28 801〜813は修学旅行用で、1962・63(昭和37・38)年に新製された。修学旅行用電車と異なり、定員は84名と変わりなく、通常は一般車として運用できるように必要最低限の設計変更にとどまっている。外部色は黄5号と朱色3号の塗り分けとなったが、後に他車と同様にクリーム色4号と赤11号に変更された。国鉄時代の1987(昭和62)年までに全車廃車となって区分消滅した。
キハ28 1001〜1024は1968(昭和43)年に新製された暖地向けのモデルチェンジ車で、後に全車冷房改造されてキハ28
3001〜3024となった。

キハ28 1〜203
キハ28 2101(福トカ)
キハ28 101 昭和37.6新製→キハ28 2101 昭和45.10改造
1986年2月27日 豊岡機関区にて

キハ28 301〜494
キハ28 332(盛イチ)
昭和39.2新製→昭和62.2廃車
1988年8月28日 旧北上操車場にて

キハ28 501〜504
キハ28 503(秋ヒロ)
昭和4.3新製→平成7.3廃車
1988年11月21日 大館運転区にて

キハ28 801〜813
キハ28 808(秋カタ)
昭和38.2新製→昭和61.3廃車
1988年11月13日 土崎工場にて

キハ28 1001〜1024
キハ28 3016(福フチ)
キハ28 1016 昭和43.11新製→キハ28 3016 昭和46.6改造
1989年1月3日 豊岡駅にて
改造車
キハ28 5501〜5516はJR西日本姫新線・播但線用として1991・92(平成3・4)年にキハ28 2048・2068・2085・2088・2091・2096・2128・2163・2166・2169・2177・2317・2322・2327・2331をロングシートに改造したもので、1999(平成11)年までに全車廃車となり、区分消滅した。
キハ28 6001・6002はJR西日本が急行「たかやま」用として、キハ28 3007・3008を1990・91(平成2・3)年にリクライニングシートに改造したもので、定員は64名となった。1999(平成11)年12月ダイヤ改正で、急行「たかやま」の特急「ひだ」への格上げに伴って、6002が2000(平成12)年に廃車となり、6001は保留車となっている。
以上のほか、九州地区ではジョイフルトレインとして、1988(昭和63)年にキハ28
2445を改造したキハ28 7001(アクアエクスプレス)と1987(昭和62)年にキハ28 2489を改造したキハ28
8001(Bun-Bun・1994年廃車)がある。