キハ35形0番代
キハ35系の中で最初に登場したのが片運転台形・便所付きの本形式である。1961〜66(昭和36〜41)年に新製された。キハ30形と同様に機関はDMH17H、台車はDT22C・TR51Bとなっている。
1983(昭和58)年から老朽廃車が始まったほか、1990(平成2)年にキハ35 123・137・187・207がキハ35 301〜304に、156・157・181・194がキクハ35 301〜304に改造された。
また、1988(昭和63)年〜1993(平成5)年にかけて、182・183・190・113・169・121・187・148・191・150・193・188・59・163・134・170・165・81の18両が関東鉄道に譲渡されて同社キハ350形352〜354、358〜3517、3519〜3523となっている。
その他の車両は1997(平成9)年までに廃車となり、区分消滅した。

キハ35 1〜217
キハ35 93(千キサ)
昭和40.1新製→平成4.1廃車
1989年4月22日 幕張電車区木更津支区にて
キハ35形500番代
キハ35のうち寒地向けとして1962〜66(昭和37〜41)年に新製されたもので、キハ30 501〜と同様に通風器が押込式となり、複線用雪カキ器取付け、床下機器・配管・配線等の一部変更等がなされている。新潟地区に配置され、越後線・弥彦線等で使用され、同線の電化後は八高線などで活躍、1997(平成9)年までに全車廃車となって区分消滅した。

キハ35 501〜531
キハ35 530(高タカ)
昭和41.8新製→平成9.4廃車
1989年2月1日 東飯能駅にて
キハ35形900番代
国鉄初のステンレス製気動車として、1963(昭和38)年に東急車輛で試作された。キハ35 1〜に比べて約3.6t軽量化されている。ステンレス車特有のコルゲートが外観上の特徴で、側構補強のため外吊り扉カバーが車体全長にわたっており、妻面がやや引っ込んだ構造となっている。かつては無塗装に前面に赤色帯が配されていたが、後に朱色5号に改められた。1995(平成7)年までに全車廃車となり、区分消滅した。

キハ35 901〜910
キハ35 901(高タカ一)
昭和38.4新製→昭和62.2廃車
1987年8月4日 高崎運転所にて
キハ35形300番代
山陽本線和田岬支線用にキハ35形海側扉2ヶ所を埋め、便所の撤去を行ったもの。
キクハ35形300番代
こちらも山陽本線和田岬支線用の改造車で、車体関係はキハ35形300番代と同様の改造を受け、機関を撤去したもの。