国鉄分割・民営化に伴い、北海道・九州・四国地区の輸送実態に見合った車両として新製されたのがこれらの各形式である。
新製価格の低減、コスト削減を主眼において設計が進められ、投入地域の要望に合わせて各形式の仕様が決定された。変速機、台車は廃車発生品が使用され、機関はＤＭＦ13ＨＳ（250PS）となっている。
キハ31形
キハ31形は1987・88(昭和62・63)年に23両が新製された両運転台17m級ステンレス製車体の気動車で、九州地区向けである。
側扉はバス用の折戸を採用し、ワンマン運転用に両端に設置されている。客室内は観光用にも対応した2+1列の転換クロスシートで、側窓は一段上昇式となっている。定員は98（座席38）名。1・4位側の乗務員扉は省略され、側面に後部確認用の下降窓を取り付けている。なお、便所は取り付けられていない。また、車体には九州の空と海をイメージした青帯を配している。
台車は廃車発生品を改造したＤＴ22Ｇ・ＴＲ51Ｅ、機関はＤＭＦ13ＨＳ（250PS）を1台搭載、冷房装置はキハ38形と同様のＡＵ34となった。
現在は全車ワンマン化されており、大分地区用にロングシート化改造された車両もある。また、キハ31 20は2004(平成16)年にくま川鉄道に譲渡され、同社ＫＴ31形となった。
キハ31 1〜23
キハ31 22（本タケ）
昭和63.3新製
1989年1月16日 博多駅にて
キハ32形
キハ32形は1987(昭和62)年に21両が新製された両運転台16m級鋼製車体の気動車で、四国向けである。
第三セクター用気動車をベースとして設計され、冷房装置はバス用のＡＵ26Ａを採用するなど、随所にバス用部品を使用している。側窓は上段固定・下段上昇式のユニット窓で、カーテンはキハ31形と同様に横引きとしている。乗務員扉は省略された。トイレはなく、客室内もオールロングシートである。なお、新潟鉄工所製の1〜11と富士重工製の12〜21とでは前照灯の形状が異なり、前者は丸形、後者は角形である。
台車は廃車発生品を改造したＤＴ22Ｇ・ＴＲ51Ｅ、機関はＤＭＦ13ＨＳ（250PS）を1台搭載している。
当初の塗装はクリーム色を基調に徳島（藍色）、高知（えんじ色）と、松山（オレンジ色）と各配置区によりストライプが異なり、地域性を強調していたが、後にＪＲ四国のコーポレートカラーに統一された。
キハ32 1〜11（新潟鉄工所製）
キハ32 1（四マツ）
昭和62.2新製
1989年8月2日 松山気動車区にて
キハ32 12〜21（富士重工製）
キハ32 14（四コチ）
昭和62.2新製
1989年8月3日 高知運転所にて
キハ54形0番代
キハ54 1〜12は四国向けの両運転台20m級ステンレス車体の気動車で、1987(昭和62)年に新製された。室内はオールロングシート。側窓は上段固定・下段上昇式のユニット窓で、側扉はバス用の折戸を採用している。便所は設けられていない。定員148（座席68）名。台車は廃車発生品のＤＴ22ＡまたはＤＴ22Ｃを再利用し、機関はＤＭＦ13ＨＳ（250PS）を2台搭載している。冷房装置はＡＵ26。
車体にはオレンジ色のストライプを入れていたが、後にＪＲ四国のコーポレートカラーに変更された。全車ワンマン化改造済みである。
キハ54形500番代
キハ54 501〜526は北海道向けの一般形気動車として、1986(昭和61)年に新製された。ステンレス車体で、北海道向けのため、側扉は片引戸となっており、前面にはスカートとスノープロウが取り付けられている。側窓は一段上昇式で、二重窓構造である。便所付で、定員100（座席70）名。台車は廃車発生品に改良を加えたＤＴ22Ｆで、機関はＤＭＦ13ＨＳ（250PS）を2台搭載している。冷房装置は非搭載。車体には赤・白・黒の帯を巻いている。
後に全車ワンマン化改造され、一部は座席をリクライニングシート、転換クロスシートに取り替えている。
キハ54 527〜529は、急行「礼文」用として座席を新幹線0系廃車発生品の転換クロスシートとしたもので、幕板部に赤帯を巻いて一般車と区別している。
キハ54 501〜526
キハ54 522（釧クシ）
昭和61.11新製
1987年6月13日 釧路運転所にて
