キハ261系100･200番代は、稚内方からキロハ261形100番代-キハ260形200番代-キハ260形100番代-キハ261形100番代の4両編成を基本としており、中間の2両の中央寄りには簡易運転台を設置して多客期の増結作業を容易にした。
量産先行車4両に続いて、1999（平成11）年に内装を中心に一部仕様変更した量産車8両が新製され、量産先行車についても量産化改造を行った。
キハ261-104・キハ260-104の2両を除く12両は北海道高速鉄道開発の所属であるが、全車ともＪＲ北海道の苗穂に配置されて2000（平成12）年3月11日ダイヤ改正より札幌-稚内間の特急「スーパー宗谷」として運転されている。
キロハ261-201〜203
高運転台・貫通形の先頭車、普通・グリーン合造車（Ｍsc）。グリーン室は2＆1配列の9席、普通席は7列28席となっている。機関はＮ-ＤＭＦ13ＨＺＨ（460PS/2100rpm）を2基搭載。台車はＮ-ＤＴ261。冷房装置はＮ-ＡＵ２０１Ａを屋根上に1基搭載する。（以下の各形式も同様）
キロハ261-201（札ナホ）
平成10.12新製
2006年7月17日 岩見沢駅にて
キハ261-101〜104
高運転台・貫通形の先頭車（Ｍc）。機関はＮ-ＤＭＦ13ＨＺＨ（460PS）を2基搭載。台車はＮ-ＤＴ261。
キハ261-102（札ナホ）
平成11.12新製
2006年7月17日 岩見沢駅にて
キハ260-101〜104
中間車（Ｍ1）。車椅子スペースや、身障者対応座席、電話室、車掌室が設置されている。定員51名。前位寄りには簡易運転台を持つ。（写真は後位側を示す）
機関はＮ-ＤＭＦ13ＨＺＨ（460PS）を1基搭載。台車はＮ-ＤＴ261・Ｎ-ＤＴ261Ｔ。
キハ260-102（札ナホ）
平成11.12新製
2006年7月17日 岩見沢駅にて
キハ260-201〜203
中間車（Ｍ2）。便・洗面所付で、定員60名。前位寄りには簡易運転台を持つ。（写真は後位側を示す）
機関はＮ-ＤＭＦ13ＨＺＨ（460PS）を2基搭載。台車はＮ-ＤＴ261。
キハ260-201（札ナホ）
平成10.12新製
2006年7月17日 岩見沢駅にて
