EF65形1000番代は「PF形」と称され、500番代のP形（旅客用）、Ｆ形（高速貨物用）の両方の機能を有する。1969〜79（昭和44〜54）年に139両が新製された。
車体は前面平妻の貫通型となり、貫通扉内には屋上上昇梯子が備えられている。台車は500番代と同様で、両端台車がＤＴ115Ｂ、中間台車がＤＴ116Ｃ。
1001〜1017は当初窓上と前照灯上のツララ切りがなく、後年取付けられた。
1040〜は前面尾灯上部のルーバーが廃止、1056〜はパンタグラフがＰＳ17から下枠交差式のＰＳ22Ｂに変更し前面のナンバープレートがブロック式になった。1119〜は主電動機をＭＴ52ＡからＭＴ52Ｂに変更し、耐寒耐雪装備を一部省略した。
一部廃車となった車両もあるが、2006年4月1日現在ＪＲ貨物の高崎、新鶴見、岡山、ＪＲ東日本の田端、ＪＲ西日本の下関に配置されている。
写真は前面にルーバーを持つ1039までのグループを示す。
EF65形1000番代
EF65 1038（高）
昭和45.9新製
2006年6月17日 蘇我駅にて
